Le règlement intérieur définit l’organisation interne de l’assemblée et ses règles de fonctionnement.

Lors du renouvellement de 2007, l’assemblée du CESER a élu son Président, un bureau, et a désigné neuf commissions et deux sections.

 Le bureau : assiste le Président pour l’organisation des travaux de l’assemblée (ordres du jour des sessions, travaux à mener sur initiative du CESER et suivi de ceux-ci, représentations de l’assemblée ou de son président, relations extérieures ...). En cas d’urgence, il peut répondre à une demande d’avis, sans toutefois engager l’assemblée dans son ensemble si les délais ne permettent pas de la consulter. Le bureau comprend le Président du CESER, les Vice-présidents, les secrétaires, les présidents des commissions et des sections. Il rend compte de son activité à l’assemblée.

 Les commissions préparent les avis du CESER sur tous les sujets dont il est saisi ou dont il se saisit de sa propre initiative (autosaisines). Elles se réunissent avant l’assemblée plénière qui examine et délibère sur les projets d’avis qu’elles ont préparés.

A l’exception du Président, qui a entrée dans chacune d’elles, tous les membres du CESER sont répartis entre les commissions. Il est demandé à chacun des trois premiers collèges de déléguer au moins deux représentants dans chaque commission afin de favoriser les échanges d’expériences et de vues, propices à des débats les plus riches possibles et par conséquent, de nature à asseoir solidement les positions du CESER.

 Les sections, Enjeux européens et internationaux - Emploi et Formation, ont été créées pour traiter de questions transversales, non entièrement couvertes par une seule commission. Elles comprennent chacune vingt membres du CESER, issus des collèges proportionnellement à leur importance numérique respective, et dix personnalités extérieures.

 Le CESER peut enfin constituer en son sein des groupes de travail pour l’examen d’une question particulière. C’est généralement la formule retenue pour les autosaisines, ce qui permet de rassembler sur un sujet donné les compétences internes à l’assemblée et celles qu’il est nécessaire de rechercher à l’extérieur (administrations, experts du monde universitaire ou socioprofessionnel...).